shiny-server

虚拟机或物理机安装ubuntu 22.04，或云服务器

创建用户的时候取一个中性的名字，该用户具有sudo权限用来执行用户管理等
比如systemadmin (admin是系统自带的，会冲突)

配置网络

询问网络管理员

安装ssh服务

sudo apt-get update
sudo apt-get install openssh-server
查看ssh服务是否开启
service ssh status
如果不是active(running)就启动服务
sudo service ssh restart
在windows上win+R运行cmd, ubuntu的ip地址是网络管理员给的, 个人的话自己家里的网络，用ip a查看，inet就是ip地址
ssh admin@ip
第一次进去要先yes，然后输入密码，现在可以在windows上通过命令行操作linux

ubuntu内搭建shiny-server

官网教程https://posit.co/download/shiny-server/

安装R

直接按照教程里的sudo apt-get install r-base安装的R不是最新版的，为了装上最新版本的R，需要多一些操作，参照cran的offical guide

# update indices
sudo apt update -qq
# install two helper packages we need
sudo apt install --no-install-recommends software-properties-common dirmngr
# add the signing key (by Michael Rutter) for these repos
# To verify key, run gpg --show-keys /etc/apt/trusted.gpg.d/cran_ubuntu_key.asc 
# Fingerprint: E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9
wget -qO- https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu/marutter_pubkey.asc | sudo tee -a /etc/apt/trusted.gpg.d/cran_ubuntu_key.asc
# add the R 4.0 repo from CRAN -- adjust 'focal' to 'groovy' or 'bionic' as needed
sudo add-apt-repository "deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu $(lsb_release -cs)-cran40/"

sudo apt install --no-install-recommends r-base

安装Shiny Server

# 安装依赖
sudo apt-get install gdebi-core  
# 下载shiny-server
wget https://download3.rstudio.org/ubuntu-18.04/x86_64/shiny-server-1.5.22.1017-amd64.deb  
# 安装
sudo gdebi shiny-server-1.5.22.1017-amd64.deb

安装shiny

shiny-server安装以后会自动创建一个名为shiny的用户，shiny-server默认是用shiny用户运行的，所以如果是其他用户安装的R包，shiny是没有权限执行的

为避坑，先提前安装一些必要的library

sudo apt-get install build-essential，否则会sh: 1: make: not found
sudo apt-get install zlib1g-dev，否则会安装不了httpuv(shiny的一个依赖包)

用shiny用户安装shiny
```
sudo su - shiny
R
install.packages('shiny', repos='https://cran.rstudio.com/')
yes
yes
q()
n
exit
```
测试安装成功没
```
sudo su - shiny -c "R -e \"packageVersion('shiny')\""
```
显示版本号就好了

官网的做法是为用root权限为所有用户安装包
```
sudo su - \ -c "R -e \"install.packages('shiny', repos='https://cran.rstudio.com/')\""
```
教程里似乎忘记换行了？？会提示su: 用户 -c 不存在，分两次执行以下
```
sudo su - \
-c "R -e \"install.packages('shiny', repos='https://cran.rstudio.com/')\""
```
或者执行以下行
```
sudo su - -c "R -e \"install.packages('shiny', repos='https://cran.rstudio.com/')\""
```
测试Shiny server

在ubuntu上进入localhost:3838看到欢迎页面，localhost:3838/sample-apps/hello/是一个简单的shinyapp
安装nginx

sudo apt-get update
sudo apt-get -y install nginx
部署自己的app
1. 访问成功后，就可以把你的shiny项目放在/srv/shiny-server这个目录下（一般默认是这个目录），比如test文件夹包含标准的shiny结构，那你就可以ip:3838/test然后就能访问你用shiny写的网站了。
  1. 首先会有移动文件等权限问题，让xiaoming等其他普通用户也能上传自己的app
    @dettli
    首先添加用户组
    sudo groupadd shiny-apps
    sudo usermod -aG shiny-apps shiny
    向里面加入想贡献app的xiaoming等其他普通用户
    新建用户
    sudo useradd -m xiaoming
    或者创建时就为他指定shell工具
    sudo useradd -m -s /bin/bash xiaoming
    后期改shell的话
    sudo usermod -s /bin/bash xiaoming
    设定xiaoming的密码
    sudo passwd xiaoming
    sudo usermod -aG shiny-apps xiaoming
    将/srv/shiny-server文件夹下的所有文件的拥有者设为 shiny，群体的使用者 shiny-apps :
    sudo chown -R shiny:shiny-apps /srv/shiny-server
    在该目录下创建的文件都属于该目录所属的组
    sudo chmod g+w /srv/shiny-server
    sudo chmod g+s /srv/shiny-server
  2. 不同的上传途径
    1. xiaoming在windows端开发，通过scp上传文件到linux 在windows的cmd中
      scp -P 10022 -r d:/shiomix/app/ xiaoming@10.10.51.122:/srv/shiny-server/shiomix ssh xiaoming@10.10.51.122
      在linux中
      mv shiomix /srv/shiny-server/shiomix
      ls -l /srv/shiny-server
      可以看到shiomix文件夹是属于用户xiaoming的，属于用户组shiny-apps的
    2. xiaoming在windows开发，上传到github (提前让sudo用户安装git sudo apt-get -y install git) 克隆仓库
      git clone 仓库地址
      放到/srv/shiny-server/下
      cp -r folderpath /srv/shiny-server/
    3. xiaoming直接在linux上开发
2. 运行不成功大多是包的问题
  
  记住所有包都要用shiny用户安装
```
sudo su - shiny -c "R -e \"install.packages('packagename', repos='https://cran.rstudio.com/')\""
```
  - 一些常见包的安装问题
```
* installing *source* package ‘curl’ ...
** package ‘curl’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** using staged installation
Package libcurl was not found in the pkg-config search path.
Perhaps you should add the directory containing `libcurl.pc'
to the PKG_CONFIG_PATH environment variable
No package 'libcurl' found
Package libcurl was not found in the pkg-config search path.
Perhaps you should add the directory containing `libcurl.pc'
to the PKG_CONFIG_PATH environment variable
No package 'libcurl' found
Using PKG_CFLAGS=
Using PKG_LIBS=-lcurl
--------------------------- [ANTICONF] --------------------------------
Configuration failed because libcurl was not found. Try installing:
* deb: libcurl4-openssl-dev (Debian, Ubuntu, etc)
* rpm: libcurl-devel (Fedora, CentOS, RHEL)
If libcurl is already installed, check that 'pkg-config' is in your
PATH and PKG_CONFIG_PATH contains a libcurl.pc file. If pkg-config
is unavailable you can set INCLUDE_DIR and LIB_DIR manually via:
R CMD INSTALL --configure-vars='INCLUDE_DIR=... LIB_DIR=...'
-------------------------- [ERROR MESSAGE] ---------------------------
<stdin>:1:10: fatal error: curl/curl.h: No such file or directory
compilation terminated.
--------------------------------------------------------------------
ERROR: configuration failed for package ‘curl’
* removing ‘/home/shiny/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.3/curl’
```
  如此情况，运行sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev
虚拟机暴露到局域网内

现在其他pc还不能访问shinyserver，不够方便
vmware软件的左上角，编辑，虚拟网络编辑器，点右下角更改设置，选第一个VMnet0，已桥接至选择当前用的网卡，有线选有线，无线选无线
更改虚拟机的设置，网络适配器，网络连接改桥接模式，进入ubuntu的设置，网络，有限，ipv4，方式改为手动，地址和DNS填写和物理机一模一样的，重启一下，期间可能会看到很多打印机添加进来，能不能上网还得上个www.baidu.com看看

充分利用linux系统

管理用户组

sudo groupadd -g 7777 student
查看，在最后一行可以看到student:x:7777
cat /etc/group
添加用户xiaoming到student组
sudo usermod -aG student xiaoming
Anaconda

下载
wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2024.02-1-Linux-x86_64.sh
安装
sudo bash ./Anaconda3-2024.02-1-Linux-x86_64.sh
enter下去，到同意条款
yes
问安装路径，输入 /opt/anaconda3
问是否初始化conda
no
为了让其他用户也能用conda，之前我们已经有student用户组了，mygroup可以替换为student，让所有student组的用户都能用conda
sudo groupadd mygroup
sudo chgrp -R mygroup /opt/anaconda3
sudo chmod 770 -R /opt/anaconda3
记得把新创建的用户也加到mygroup用户组里
sudo usermod -aG mygroup xiaowang

xiaowang每次想要用conda的时候，都要先
source /opt/anaconda3/bin/activate
最好不要修改base!!!

nginx配置

sudo nano /etc/nginx/sites-enabled/default

在server_name _;这一行下面添加

location /shiny/ {
   proxy_pass http://localhost:3838/;
   proxy_http_version 1.1;
   proxy_set_header Upgrade $http_upgrade;
   proxy_set_header Connection $connection_upgrade;
   rewrite ^(/shiny/[^/]+)$ $1/ permanent;
   client_max_body_size 300M;
}

client_max_body_size是允许上传的文件大小, 要和shiny中设置的一样

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